„Nevzali jsme s sebou nic, po všem veta - jen bibli Kralickou, labyrint světa".

Třicetiletá válka byla ničivou událostí pro celou českou zemi, okolí Hradce Králové nevyjímaje. Po vypuknutí stavovského povstání v roce 1618 byly ihned vypsány nové berně a vyhlášena vojenská pohotovost. Zadlužené město a zchudlí občané si však nemohli dovolit platit kontribuci, proto si město vypůjčilo sumu 1500 kop. Hradečtí pak pravidelně posílali do měst pražských jak daně, tak i hotovost. Poddaných ani jejich majetku při vojenských akcích šetřeno nebylo - vždyť i soudobé přísloví pravilo „Když se vadí a rvou páni, nastavte vlasův, ubozí poddaní!" Zanedlouho byli ze země ve lhůtě 8 dnů vypovězeni také nenávidění jezuité.

Veškeré naděje českého odboje však skončily již 8. listopadu 1620 po trapně rychlé prohře stavovského vojska na Bílé hoře. 2. prosince museli hradečtí složit přísahu králi Ferdinandovi II. a odevzdat klíče od městských bran. Zanedlouho vkráčela do města soldateska, jejíž početní stavy se v následujících týdnech dále rozrůstaly. Po odchodu Němců však přišli Francouzi. Na usídlené vojáky přitom město těžce finančně doplácelo. V kraji se rozmáhalo bezpráví a výrazně se zvyšovala míra kriminality. Bezbranní obyvatelé byli často mučeni, aby vyzradili domnělé i skutečné úkryty pokladů. Koncem roku 1620 byl Hradec za trest zbaven všech statků, takže se vlastně opakovala konfiskace z roku 1547. Nezdařené selské povstání z roku 1621 stálo život zhruba 500 popravených sedláků a zhruba 600 uvězněných, kteří byli v žaláři hrozným způsobem mučeni.

Velikou nevoli obyvatel způsobila také násilná rekatolizace poddaných v hradeckém kraji po návratu jezuitů. Již během roku 1626 jim byl prakticky navrácen veškerý majetek, to však již nemohlo stačit. Podstatné byly také „duše" lidí, tedy obrácení obyvatel na jedinou pravou, tj. katolickou víru. Tento úkol však vyžadoval použití násilných donucovacích prostředků, ke kterému jezuité také plošně přistoupili. Drobná lokální povstání na tomto faktu nemohla nic změnit a byla většinou již v zárodku krvavě potlačena. V neklidné době ohromného válečného konfliktu byly pochopitelně jakékoliv ohledy nemyslitelné.

Přípisem ze dne 11. května 1628 byly Hradci Králové vráceny ty vesnice, které ještě nebyly prodány, a ze kterých muselo město skládat účty. Důvodem byla úžasná zadluženost města náklady na císařské vojsko a také fakt, že Hradec byl ručitelem za císaře Matyáše. Tyto statky byly od roku 1620 ve správě císařského rychtáře. Dle listu z 11. května byly vráceny „z císařské milosti na vychování kněžstva, žákovstva a chudých ve špitálech" dne 2. června vsi: Lochenice, Předměřice, Všestary, dvory kmetcí ve Světí, Lhota za šibenicí, Lhota Malšová, Kluky a některé další statky, rybníky a lesy. Navrácen byl také statek v Plotištích, dvůr podlužní a ves Plotiště s příslušenstvím, který předtím připadl králi manským právem na úkor dřívějšího majitele Mikuláše Kydlína. Po navrácení těchto majetků bylo dle nařízení krajských komisařů zaopatřeno také hradecké duchovenstvo - arciděkan například dostával 600 kop míšeňských, kaplan 100 kop; kromě toho také příděl obilí. Poddaným bylo kromě toho nařízeno, aby nepřijímali pod svou střechou nekatolíky. Rekatolizace postupně sílila a jejím výsledkem bylo na Hradecku i jinde značné utrpení nekatolického obyvatelstva.

Ve 30. letech 17. století se válka přesouvá do bezprostřední blízkosti Hradce Králové. Podle některých pramenů již v roce 1631 obléhají město Sasové, odtáhnou však bez úspěchu. V roce 1633 se mlýn Kydlinov ocitá v rukou řádu minoritů hradeckých. Představený řádu si v lednu tohoto roku stěžuje, že mlýn je obsazen vojáky a kvůli tomu váznou dodávky obilí. Je tedy zřejmé, že ani Plotiště nebyly ušetřeny dlouhodobého pobytu soldatesky. V následujících letech docházelo také ke vpádu švédských vojsk, která poctivě drancovala okolní krajinu. K tomu se například v roce 1635 přidaly ještě nebývale silné mrazy, kdy podle kronikáře pomírali i vlci a vojáci na pochodu. Ve stejném roce zemřel Jan Král z Plotišť, majitel „Dvorce", bývalého č. p. 55. Jeho dvůr přešel jako manský do majetku české komory i s 5 chalupami v Dolejších Plotištích. O rok později bylo úředně oznámeno uvedení řádu jezuitů do Hradce Králové a požadavek k urychlení stavby jejich koleje.

Rok 1637 byl velmi suchý a úroda špatná. Také císařské, saské i bavorské vojsko muselo až do jara zápasit s hladem. Ze stejného důvodu bylo vypraveno procesí studentů, „by Bůh hojným deštěm pole obveselil". Nepříznivé klimatické podmínky završil také pozdní mráz z 8. června, který značně poškodil obilí. V roce 1639 přibyl k hospodářství jezuitskému nově také dvorec v Plotištích. Ten byl již několik let zpustlý, jezuité jej však opravili. Válečné kontribuce a časté pobyty rekvírujících vojáků nicméně přinášely bídu i do Plotišť. Švédové pod velením „feldmaršálka" Bannera v Plotištích ve stejném roce pobrali velké množství úrody a protože nedostávali žold, byli živeni poddanským obyvatelstvem. Tři čtvrtě roku pustošili okolní krajinu a byli pány Hradce i jeho okolí až do 20. února, kdy byli vyhnáni vítězným císařským vojskem. Tím však utrpení obyvatel neskončilo, protože podle platných nařízení museli přispívat potravinovými příděly na vojsko. V Plotištích byla dlouhodobě ubytována část Kapounova regimentu.

V roce 1641 tento stav stále trval, císařské vojsko bylo rozloženo v hradeckém kraji. Král Ferdinand III. navíc vystoupil s požadavkem na vojenskou pomoc od stavů, ta se však setkala s velikým odporem. Bylo proto sáhnuto k razantnějším rekrutovacím opatřením a především ke zvyšování vojenských berní. Jen v roce 1642 připadlo na každého usedlého měšťana 12 zlatých a 5 krejcarů. Majetek jezuitů se však naopak rozrůstal. Následující válečná léta byla nikoliv překvapivě ve znamení obav z dalšího vpádu Švédů. Obyvatelé Plotišť i jiných okolních vsí byli nuceni opravovat šance, jelikož hradby byly kvůli válečným událostem let 1639 a 1640 značně poškozeny. V Plotištích však přesto řádili Švédové i Sasové ještě v letech 1643. Není proto divu, že mnohé dvorce a statky byly v následující době opuštěny. Ty poté koupilo město Hradec Králové a rozdělilo je mezi poddané, čímž se stalo držitelem značné části obce.

V roce 1645 opět řádily živly (silné vichřice) i nepřátelská vojska v podobě švédského generála Torstensona. Ještě mnohem později byla objevena švédská halapartna a měděná nádoba v mlýně Kydlinovském při kladení turbíny. Tento archeologický nález dosvědčuje přítomnost švédských jednotek přímo v Plotištích. Ve švédském vojsku se nacházeli také četní emigranti, kteří znali dobře místní krajinu i majitele statků. Zdá se, že na jejich popud byly některé statky ušetřeny, zatímco jiné byly vypáleny do základů (neboť nelze vyloučit vyřizování dřívějších osobních účtů).

Na počátku roku 1648 sice poničila část Hradce povodeň, v mezinárodní diplomacii se však blýskalo na lepší časy. V říjnu toho roku byl uzavřen Vestfálský mír, kterým definitivně skončila Třicetiletá válka. Tento konflikt způsobil strašné škody na majetku i lidských životech. Obyvatelstvo bylo mučeno a sdíráno z kůže jak cizími, tak i vlastním vojskem. Výsledek války navíc zklamal také naděje českých exulantů, kterým byl návrat do vlasti již s konečnou platností zapovězen.