Následky hrozné války byly pociťovány ještě dlouho. V roce 1650 byli nejen vyháněni nekatoličtí obyvatelé z celého Hradce i jeho zbídačeného okolí (například v Lochenicích zcela zpustl tamní mlýn), ale přidal se také mor. Při morové ráně se toho roku ke dni 15. července pořádalo slavné procesí ke cti svaté Rosálie za odvrácení moru, přičemž čtyři žáci nesli obraz svaté na nosítkách. Bylo při tom „vystřeleno několik děl na rynku a šancích a vojska zbroje v řadě před kaplí jezuitskou stojícího.“ Mor však neustával a po 30 obětech z řad žáků koleje byly uzavřeny školy a učitelé i mistři odesláni pryč z města. Odcházeli také měšťané, což svědčí o tragických rozměrech nákazy. Ještě v únoru roku 1651 byla situace špatná a podle dochovaných zpráv mnozí horlivci tloukli žebráky, opilce a trestali zahálečné lidi, kteří podle jejich mínění překáželi službě boží. Jezuité v té době výrazně rozšiřují své pole působnosti a rekatolizace obyvatelstva nabírá na obrátkách. Také purkmistr a konšelé hradečtí prohlásili, že na svých gruntech nebudou trpěti nekatolíky. Kdo nechtěl ještě více strádat, musel přijmout novou víru.

V poddané části Plotišť byl k roku 1651 rychtář, mladší rychtář, 2 konšelé, 7 sedláků, selka vdova, 6 chalupníků, 3 vdovy chalupnice, 5 zahradníků, krčmář, pazderník, 7 podruhů a 6 podruhyň. Celkem zde žilo 124 obyvatel.

V roce 1655 přišla hrozná povodeň, jakou už lidé nepamatovali. U města zbořila 5 mostů, dva dokonce i s mostnicemi a trámy. Na pražském předměstí poškodila povodeň značně cestu a na ostrově u mlýna malšovického se jezuitům utopilo množství domácího zvířectva (například 27 vepřů, 5 koňů a 7 skopců), proto svůj dvůr následně přemístili. Povodeň jen přispěla k válečným škodám a ještě v následujícím roce byl stav města i jeho okolí velmi špatný. Město bylo předluženo, což se promítlo také v cenách za pálení cihel, pivo apod.

V roce 1663 byla zahájena nová válka s Turky. Byly shromažďovány zásoby a každý desátý poddaný byl sbírán na vojnu. Ve stejném roce přidělil magistrát hradecký Plotištím řezníka. To se však nelíbilo městským řezníků, a tak „sešli se 28. září na šlachtě za městem, jich okolo 30 s flintami a hořícími provazy do Plotišť běželi, řezníka hanou a fackami pozdravili, vola málo před tím zabitého sami rozsekali, kusy sebou a nástroje odnesli.“

Roku 1671 byl majitelem mlýna Kydlinova Matyáš Švenda z Rosenthalu, císařský rychtář jaroměřský. Někdy před rokem 1689 ho nabylo zase město Hradec Králové, jemuž patřil zřejmě ještě roku 1692. Je zapsán jako mlýn svobodný, poplatný městu Hradci Králové. Téhož roku se připomíná také pivovar ve Všestarech, založený páterem Quardianem od sv. Anny. Byla o něho vedená pře a měl být dokonce přemístěn do Plotišť.

13. října roku 1673 koupilo město Hradec Králové Benedův dvůr v Plotištích; smlouva o této koupi byla podepsána na zámku v Častolovicích. Někteří plotištští obyvatelé byli velmi štědří i k jezuitům. Například paní Anna Zuzana de Karmes, rozená Stiřová, odkazuje ze svého dvora částku a fundaci na 100 mší a přeje si být pohřbena v jezuitském kostele.

Od roku 1658 do roku 1675 bylo z Plotišť pokřtěno v kostele sv. Petra na Pražském předměstí (tehdy podměstí) celkem 225 dětí. Není jistě překvapivé, že šlo o znatelný nárůst oproti předchozím neklidním letům.

V roce 1680 vznikaly četné masové selské bouře, které hrozily přerůst v rozsáhlé povstání. Na mnoha místech se sedláci shromažďovali se zbraní v ruce a hodlali si právem vynutit mírnější životní podmínky (také Hradec ukládal poddaným veliké roboty, peněžité pokuty a tresty, předražoval sůl a panské sýry, nutil píti pouze své pivo a podobně). Z dnešního hlediska se životní podmínky poddaných skutečně rovnaly otrockému stavu. To se týkalo samozřejmě také plotišťských. Sankce za účast na povstání pak byly pochopitelně vysoké. Dopadení sedláci byli obvykle těžce ztrestáni. Mnoho jich zemřelo již při střetu s vojskem, stejně jako o necelé století později u Chlumce. Zajaté pak čekaly další těžké tresty. Stojí také za zmínku, že v roce 1680 se císař Leopold stáhl do Čech před morem, který zachvátil vídeňský dvůr. Zastavil se přitom také v Hradci Králové a na pražském předměstí byl uvítán oslavnou palbou z děl a pušek.

V závěru 17. století se rozhořel další velký střet s tureckým nepřítelem, který v roce 1683 dokonce oblehl (neúspěšně) Vídeň. Je jistě možné, že v tomto konfliktu obřích rozměrů bojovali také naverbovaní poddaní z Plotišť. Náklady na vedení války jako vždy pocítili především poddaní města a jeho širokého okolí. Například ještě v roce 1698 nebyl Hradec ušetřen neoblíbeného „ložírování“ vojska.

Ve stejném roce bylo ke 28. listopadu usneseno přenesení pivovaru z Všestar do Plotišť. Podklady již byly vyřízeny, ale k faktickému přesunu nikdy nedošlo. Pivovar měl stát zřejmě v prostoru dnešní restaurace „Na Velké“, podle písemných pramenů však není zřejmé, proč nakonec pivovar v Plotištích nevznikl. Tím se však již dostáváme k přelomu dalšího století, které bude ve znamení osvícenství a nově získané racionality, byť ještě v konvencemi notně omezené podobě…